三、曝光系统
粗一看，F90仍是四种基本的曝光方式，但它的程序自动曝光方式仍是有所改进，它是自F-601之后第二架采用多程序选择自动曝光的相机。曝光程序曲线分成四个段，由三个转折点来决定。另外依然保留了实用的程序偏移功能。
在以往所有的程序自动曝光方式中，生产厂家在制造相机时就已经将曝光程序曲线关系固定下来。而F90则可以通过插在夏普生产的电子记事本上的AC-1E数据卡，由用户自行选择程序的三个转折点来建立自己的程序(或称用户程序)。这种方式是前所未有的，从理论上讲是很优越的，但在实践中是否有这种必要还是值得探讨和等待时间来检验的，因为有程序偏移作为程序自动曝光的补充，可以说基本弥补了程序自动曝光方式的不足。
F90还有所谓的“变程序”自动曝光方式，含有7种特定的程序，以适应特定的摄影场合或题材。其设计思想实质上是与Minolta的“特殊应用卡”和Canon的“程序化影像控制”是一样的，也就是“”程序化自动曝光”方式。Nikon是自Minolta和Canon之后采用这种方式的，为了显得与众不同，Nikon将其称为“变程序”，这与Nikon将“焦点预测”称为“焦点追踪”和将“程序偏移”称为“柔性程序”等等同出一辙，还是不能准确地表达其真实含义。
在此之前有不少人认为程序化自动曝光是一种华而不实的功能，但从F90装备这种方式来看，表明了这种方式已经愈来愈受到相机制造厂家的重视，已经显示出其顽强的生命力。
四、其他功能
除了自动包围曝光和多重曝光外，F90上的功能是应有尽有，从功能的集成度来看，F90似乎并不及F-801s，但若加上专用数据机背MF-26(此时变成了F90S)，则所有的功能都有了，甚至比其专业机F4还要多，如显示和打印24个时区的时间和在各种曝光方式下的自动包围曝光和闪光灯自动包围曝光等。
在F90S上Nikon还第一次装备了用户自选功能，而且达14项之多，这是继Pentax Z-1之后，日本第四家相机生产厂家采用了这种功能，再次表明了新功能对相机设计的影响。
五、新型D型AF镜头
为了配合F90优越的3D矩阵式测光系统，Nikon还专门生产了可提供聚焦距离信息的D型AF镜头，而原有的AF镜头无法传递聚焦距离信息，除此之外，在其他方面，两类镜头则是完全一样的。另外还有内置AF马达的AF-I型长焦距镜头镜头，只能配合F90和F4S进行自动聚焦。
六、专用闪光灯SB-25
与F90配套使用的SB-25功能齐全，是当时Nikon档次最高的专用闪光灯，其最大闪光指数达50米，闪光覆盖范围达20-85毫米。具有流行的防红眼闪光方式、后帘同步方式和频闪方式。但SB-25最为出色的是FP高速闪光灯同步方式，其工作方式与奥林巴斯的F280的类似，可实现1/4000秒的最高闪光灯同步速度，比奥林巴斯的F280的1/2000秒整整提高了一档。当然在夜间摄影时，这种方式的用处不是很大，但在日间摄影作填充式闪光还是很有用的。遗憾的是，SB-25只有配合F90使用才具有这一方式，与Nikon其他AF单反机配合使用时，其功能则相当于原来的SB-24。
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